写一条评论《反驳进化论》 的续集，反驳了PBS 节目和《科学美国人》中最近提出的支持进化论的论据
论点：共同的设计指向共同的祖先
进化论者说：“研究发现各种生物的DNA和生物系统有惊人的相似性，这是表明地球上的生命都有一个共同祖先的可靠证据。”
最早发表在《反驳进化2》第六章
共同的结构=共同祖先？
在大多数支持进化的辩论中，正方认为共同的身体特性，如猿和人类五个手指，说明在遥远的过去，生物源于同一个祖先。共同结构（同源性）指向同一位创造者而不是指向同一位祖先，这种说法遭到了达尔文的嘲笑（由理查德•欧文（Richard Owen）在PBS 节目中，改编的戏剧“与达尔文相遇”中提出）。
但是，“源自共同的设计者”的理论能够更加合理地解释现代遗传学家的发现：达尔文所认为的许多外表相似的解剖结构，其背后的基因蓝图的差异是非常大的。遗传的是基因，而不是结构。所以如果不同生物是从共同的祖先进化而来的话，它们的相似性理应产生于同一个遗传系统（这或许源自相同的设计，但也不一定）。但是在许多情况下，事实显然不是如此。例如四肢都有五个指头的青蛙和人类，人类胚胎先发育出手/脚掌，然后指头之间的物质溶解（而形成5个指头）；而在青蛙的胚胎中，指头是从手/脚掌的芽点（见下面的图）向外长出。这一事实强烈地反驳了进化论以共同祖先来解释不同物种之间的相似性。
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人类和青蛙的指头的发育 发育程式图显示了人类和青蛙的指头的不同发育模式。
左图：人类的模式，细胞被执行程序化的死亡（凋亡）将手/脚掌分为五个区域，然后发育为5个指头（手指和脚趾）。【参考T.W. Sadler, editor, Langman’s Medical Embryology, 7th ed. (Baltimore, MD: Williams and Wilkins, 1995), p. 154–157.】 右图：青蛙的指芽细胞分裂生长形成指头。【参考M.J. Tyler, Australian Frogs: A Natural History (Sydney, Australia: Reed New Holland, 1999), p. 80.】 |
美国公共电视网（PBS）的节目和其它进化宣传人士声称DNA代码是通用的，这证明有一个共同的祖先。但这是错误的，DNA代码是有不同的，有些自1970年代以来就已经被发现，它们不仅存在于线粒体，而且还存在于细胞核DNA的序列中。其中一个例子是草履虫，64个密码子中的一小部分编码（与其他生物）不同的氨基酸。更多不同的例子还在被不断发现。1发现研究所指出了PBS节目中这个明显的事实错误。2此外，一些生物除了编码主要的20种氨基酸之外，还编码一个或两个额外的氨基酸。3
从PBS发言人尤金·斯科特（Eugenie Scott）的回应中可以看出，进化论体制更关心的是如何弘扬进化的理论，而不是科学的准确性。她不但不承认PBS项目是错的，而且还攻击投诉他们的人，引用他们的（正确的！）言论，称其是“荒唐得难以置信。” 然后她又隐晦地认可了她刚刚批判的，引用了以下解释：“然而，这些异常，我们知道是从生物的标准代码演变出来的。”
这也等于说：“指出确实存在的异常密码子，是错误的，即使这是事实也不行；PBS进行错误的教导，是合理的，因为我们可以解释为什么理论不总是符合事实。”
但将“达尔文主义的真理”当作解释事实的“证据”必定会引发很多问题。没有实验证据，因为我们缺乏这些所谓的祖先的DNA编码。但是，共同祖先的说法在理论上也是有问题的，更改DNA的编码会产生错误的蛋白质，从而导致生物死亡。所以一旦生物选定了一套氨基酸代码，就只能坚持下去了。发现研究所也指出了斯科特主张的逻辑悖谬。4当然，大部分代码是通用的，但对此的最好解释是设计同源。所有可能的数以百万计的基因代码中，生物现有的代码最有利于防止错误。5但异常代码否定了进化论的解释。
DNA 比较——可以有不同的解释
《科学美国人》反复重申一个普遍的论点－DNA的比较可以帮助科学家重建生物体的进化过程：
“宏观进化研究生物分类学上物种水平之上的变化，它经常以化石记录和DNA比较作为证据来构建各种生物体的相关性。”[SA 80]7
DNA比较只是同源性争辩中的一个子命题，在圣经的理论框架下也一样可以理解。同样的数据也可以用共同的设计者来解释。工程师通常对不同的建筑使用相同的建筑材料，一个汽车制造商通常在不同的汽车上使用相同的部件。所以如果设计师在许多不同的生物中使用相同的生物化学反应和生理结构，我们不应该感到惊讶。相反，如果所有生物体都是完全不同的，这似乎指向有很多的设计师，而不是一个。
由于DNA是生物结构和生化分子的蓝图，所以最相似的生物之间理应有最相似的DNA。猿和人都是哺乳动物，体型类似，所以猿和人有类似的DNA。人类DNA与另一种哺乳动物，如猪，应该比与爬行动物，如响尾蛇的，有更多相似性。实际正是如此。人类与酵母菌，除了有一些共同的生物化学反应外，其他完全不同，因此我们应该期望人类DNA更相似于猿的DNA，而不是酵母DNA。
所以一般形态上的相似性不是只能由（进化论的）共同祖先解释。此外，还有一些令进化论者费解的异常之处－－一些进化论者不认为之间有密切关系的生物却存在机体上的相似性。例如，脊椎动物的血红蛋白，这是血液中携带氧气的复杂分子，让血液呈红色。但人们也发现在一些蚯蚓、海星、甲壳类动物、软体动物，甚至在某些细菌中也有这种蛋白。骆驼和护士鲨抗原受体蛋白具有相同的不寻常的单链结构，但这不能解释为鲨鱼和骆驼拥有一个共同的祖先。6还有很多其他例子，不能以进化来解释相似之处。驳斥“分子钟”
《科学美国人》反复重申一个普遍的谣言，DNA给了我们一个“分子钟”，记载着DNA从最简单的生命形式进化到人类的进化历史。
“然而，进化论者可以从分子生物学中得到进一步的支持证据，所有的生物拥有的大多数的基因是相同的，但按照进化论的预测，在不同的物种间，按照它们之间的进化关系，这些基因的结构及其蛋白质产品会有所不同。遗传学家说这些“分子钟”记录了时间的流逝。这些分子数据也显示某些生物是进化过程中的过渡形态。”[SA 83]7
实际上，进化论者所谓的分子钟有许多他们解决不了的问题。不仅有我上面提到的例外和共同设计论点的挑战，而且这些分子数据实际上更加支持神创造了不同类型的生物系统，而非连续的进化，正如非创造论微生物学家迈克尔•登顿（Michael Denton）博士在《进化论：理论陷入危机》（Evolution: A Theory in Crisis）一书中所指出的。例如细菌（原核生物）中细胞色素C的氨基酸序列，与多种多样的真核生物（从酵母、小麦、蚕、鸽子到马）的细胞色素C的氨基酸序列，其差异百分比几乎相同（64–69%）。原核生物与真核生物之间没有过渡性的细胞色素，也没有看出“高等”生物（如马）的细胞色素比“低等”生物（如酵母）的细胞色素分化程度更高。
比较无脊椎动物，如蚕蛾，与脊椎动物，如七鳃鳗、鲤鱼、乌龟、鸽子和马的细胞色素C序列，也可以观察到同样的模式，所有的脊椎动物与蚕的细胞色素C差异程度都相近 （27 - 30%）。同样，比较七鳃鳗（一个“原始”圆口纲脊椎动物，又称无颌鱼）与鲤鱼、青蛙、鸡、袋鼠、和人类的血红蛋白，其差异都相近（73 - 81%）。将鲤鱼和牛蛙、海龟、鸡、兔、马的细胞色素C相比，其差异均为13 - 14%。在圆口纲脊椎动物→鱼→两栖动物→爬行动物→哺乳动物或鸟之间的细胞色素没有任何过渡类型。
进化论者的另一个问题是，分子钟如何能够在很多不同的生物体的任何特定的蛋白质中，均匀地产生差异（即使排除一些前面所讨论的、带来更多问题的例外）。若这些差异是由于进化产生的话，大部分类型的生物必须有同样的单位时间突变率。但观察显示，真正不变的是每代突变率，这样，对于繁殖快的生物如细菌来说，单位时间突变率就会很快，而对于大象来说就会慢得多。而在昆虫中，繁殖周期的变化范围很大，从苍蝇的数周一代，到蝉的许多年一代，但没有证据表明苍蝇比蝉的（DNA分子）分化更大。因此观察到的证据不支持所谓DNA差异模式是生命演变过程中突变随时间累积而造成的说法。
【扩展阅读】
参考文献与注释
- National Institutes of Health , 29 August 2002.
- 2001年9月10日的新闻发布会，关于PBS对“通用遗传密码”的“错误宣告”。
- 某些古细菌和真细菌的DNA中编码第21和22种氨基酸，硒代半胱氨酸和吡咯赖氨酸，参见J.F. Atkins and R. Gesteland, The 22nd Amino Acid, Science 296(5572):1409–10, 24 May 2002; 是针对1459–62页及第1462–66页科技论文的评论。
- 2001年9月20日新闻稿，幕后情况：“进化”发言人试图抹黑被忽略的科学评论家。
- J. Knight, Top Translator, New Scientist 158(2130):15, 18 April 1998. 自然选择无法解释代码的优化，因为无法在不破坏功能的前提下，用“更好的”代码取代前一个有功能的代码。
- Proceedings of the National Academy of Sciences, 95:11,804; cited in New Scientist 160(2154):23, 3 October 1998.
- 若引文出自John Rennie在《科学美国人》中的文章，就用SA缩写，后加页码；若出自美国公共电视网（PBS）的《进化》系列，就用PBS缩写，后边的数字表明哪一集。